以培养优秀的会计人才和不断推动中国会计学术研究的国际化为基本使命，自建系以来清华大学会计学科长期所坚持的基本办学思想是：全方位与国际接轨，不断巩固和提高本科教育质量，积极探讨硕士教育的新思路，以博士教育为龙头，推动学术研究活动和学科建设，培养不同层次既懂中国国情又通晓世界潮流的新一代会计实务和学术人材。
在学术研究上，会计学科的主要研究方向为会计与资本市场，会计准则、财务分析与企业价值评估、企业成本和绩效管理、审计和税务。在研究方法上实证研究和规范研究并举，积极倡导现代经验和分析研究工具的应用。
清华大学是首批获得国务院学位委员会和国家教育部批准授予会计硕士专业学位的试点院校之一。清华大学会计专业硕士项目旨在培养通晓世界会计准则和会计发展趋势，熟悉国际国内经济发展与资本市场运作规律，掌握现代管理知识的国际化应用型会计人才，面向会计相关从业领域、各类国际国内金融机构、咨询机构、著名企业、资本市场、及政府和监管机构输送国际一流的高层次会计人才。
国际化和实践性是清华会计专业硕士项目的突出特点。会计专业硕士的国际化水平表现在以下几个方面：第一，会计系的教师都是获得美国、香港、国内一流院校的博士学位，并长期聘请美国顶尖商学院知名教授担任特聘教授。第二，2007年12月，清华大学的会计学科成为大陆地区第一个，也是目前为止唯一一个获得北美管理教育顶极认证机构AACSB认证的会计学科。第三，会计系的课程教学与国际一流会计院校接轨，全部专业课程采用美国一流院校广泛使用的英文原版教材和资料，课程体系和教学方法与北美一流会计院校一致，大部分课程全英文授课。第四，会计系与加拿大注册会计师协会、澳大利亚会计师工会、英国会计师协会等国际会计组织合作，使学生在完成学位教育的同时，部分课程也得到他们的资格认证。会计专业硕士项目也强调学生的实践能力和综合素质的培养。会计系突出实践知识教学的导向，以体现现代经济社会发展和资本市场国际化对会计人才的知识与素质要求。硕士课程的师资具备海内外一流商学院的会计教学经验和会计、金融领域的实践经验，并且重视与来自国内外会计实践领域的著名资深人士进行交流和合作，共同承担专业课程教学。
